شبیه سازی جنبه های مختلف انتخاب ژنومی و صحت برآوردها در گاوهای هلشتاین

thesis
abstract

در انتخاب ژنومی ابتدا برآورد اثرات نشانگری از طریق مدل های مختلف آماری با استفاده از داده های ژنوتیپی و فنوتیپی دام ها در جمعیت مرجع صورت می گیرد و سپس ارزش های ارثی ژنومی دام-های بدون رکورد فنوتیپی فقط بر مبنای ژنوتیپ آن ها و اثرات برآورد شده پیش بینی می گردد. عوامل مختلفی مانند تراکم نشانگری، تعداد و نوع حیوانات جمعیت مرجع، معماری ژنتیکی صفت یا صفات مورد مطالعه و مدل آماری آنالیزها بر صحت پیش بینی ها موثرند. تشکیل جمعیت مرجع مناسب و انتخاب مدل آماری دو چالش مهم برای شروع انتخاب ژنومی در ایران خواهد بود. در این پژوهش برای بررسی انتخاب ژنومی و جنبه های مختلف آن در جمعیت هلشتاین ایران، این جمعیت با نرم افزار qmsim و بر اساس فرآیند پیشرو شبیه سازی شد. تعداد 3 کروموزوم در حالت های 1 و 5/7 کیلو بازی از نشانگرها و با تعداد 10، 30 و 75 qtl در نظر گرفته شد. در ابتدا برای ایجاد عدم تعادل پیوستگی اولیه و تعادل موتاسیون-رانش، یک جمعیت پایه با دو نیروی موثر موتاسیون و رانش ایجاد و از این جمعیت پایه دو جمعیت هلشتاین اولیه ایران و خارجی مشتق شد. در نهایت برای شبیه سازی تلقیح مصنوعی از جمعیت خارجی تعدادی گاو نر به جمعیت اولیه ایران مهاجرت و جمعیت نهایی ایران تولید شد. با استفاده از مدل آماری بیزb تأثیر عوامل موثر بر تشکیل جمعیت مرجع مانند تعداد و نوع حیوانات جمعیت مرجع، میزان رابطه حیوانات با یکدیگر و با جمعیت تحت انتخاب و وارد کردن اطلاعات سایر جمعیت ها بررسی شد. همچنین مدل های مختلف آنالیز در انتخاب ژنومی جمعیت هلشتاین ایران بررسی شدند. مدل gblup و چهار مدل بیزی a، b، lasso و در حالت های مختلفی از جمعیت مرجع، تعداد جایگاه های صفت کمی (qtl) و تراکم نشانگری مقایسه شدند. صحت پیش بینی ها با افزایش تعداد حیوانات نر به طور معنی داری افزایش یافت که این افزایش با افزودن حیوانات ماده نیز به میزان کمتری مشاهده شد. نزدیکی روابط این حیوانات با جمعیت تحت انتخاب تأثیر مثبت بر افزایش صحت پیش بینی ها داشت و ترکیب اطلاعات سایر جمعیت ها صحت را به میزان زیادی بهبود بخشید. روش های بیزی نسبت به روش gblup صحت برآورد بالاتری داشتند و این برتری در حالت کم بودن تعداد ژن های بزرگ اثر و استفاده از اطلاعات جمعیت های دیگر در تشکیل جمعیت مرجع ایران افزایش یافت. برای انتخاب ژنومی در جمعیت گاوهای هلشتاین ایران، به کارگیری مدل بیز b در جمعیت مرجعی شامل گاوهای نر و ماده و بهره گیری از اطلاعات جمعیت های دیگر پیشنهاد می گردد. شرایط اقتصادی در حالت های مختلف می تواند از عوامل موثر بر اجرای عملی این برنامه در ایران باشد که نیازمند تحقیقات بیشتری می باشد.

similar resources

مقایسه روش های مختلف آماری در انتخاب ژنومی گاوهای هلشتاین

Genomic selection combines statistical methods with genomic data to predict genetic values for complex traits.  The accuracy of prediction of genetic values ​​in selected population has a great effect on the success of this selection method. Accuracy of genomic prediction is highly dependent on the statistical model used to estimate marker effects in reference population. Various factors such a...

full text

مقایسه روش های مختلف آماری در انتخاب ژنومی گاوهای هلشتاین

انتخاب ژنومی، ارزش­های ژنتیکی را در صفات پیچیده کمی از طریق ترکیب داده­های ژنومی و فنوتیپی با استفاده از مدل­های آماری پیش­بینی می­کند. صحت پیش­بینی ارزش­های ژنتیکی در جمعیت تحت انتخاب اثر زیادی بر موفقیت این روش انتخاب دارد. مدل آماری که برای برآورد اثرات نشان­گری در جمعیت مرجع از آن استفاده می­شود، از عوامل مؤثر بر صحت پیش­بینی­ها می­باشد. عوامل مختلفی مانند تراکم نشان­گری، جمعیت مرجع و معمار...

full text

شبیه سازی برنامه انتخاب گاوهای هلشتاین ایران

مطالعه حاضر با هدف شبیه سازی برنامه انتخاب گاوهای هلشتاین ایران با در نظر گرفتن چهار مسیر انتخاب (شامل مسیرهای پدر پدران (ss)، پدر مادران (sd)، مادر پدران (ds) و مادر مادران (dd)) و تعیین ترکیب بهینه عوامل موثر بر پیشرفت ژنتیکی و راندمان اقتصادی انجام شد. در مرحله اول روش آزمون نتاج گاوهای نر در شرایط فعلی کشور مورد بررسی و عوامل موثر بر پیشرفت ژنتیکی در هر یک از چهار مسیر انتخاب تعیین گردید. س...

15 صفحه اول

شبیه سازی جمعیت اولیه (تاریخی) و تعیین صحت عدم تعادل پیوستگی در مطالعات شبیه سازی ژنومی

جهت بررسی صحت عدم­تعادل پیوستگی در مطالعات شبیه­سازی ژنومی، جمعیتی در دو حالت عدم­تعادل پیوستگی صفر و یک در نسل اول شبیه سازی شد. از معیارهای اندازه مؤثر جمعیت، میزان عدم­تعادل پیوستگی و واریانس بین نشانگرها جهت تعیین صحت شبیه­سازی استفاده شد. نتایج نشان دهنده همبستگی بالا بین اندازه مؤثر جمعیت مشاهده شده و مورد انتظار بود. همچنین میزان عدم­تعادل پیوستگی مشاهده شده و مورد انتظار بر هم منطبق شدن...

full text

برآورد صحت انتخاب ژنومی در جوامع کوچک ژنتیکی- مطالعه‌ شبیه‌سازی

In the present study two genetically connected small and large populations were simulated and the effect of different sources of information from foreign populations on the accuracy of predicted genomic breeding values of young animals of the small population was investigated. A large population consist of 200000 animals over 15 generations and a small population consist of 5000 animals over 3 ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


document type: thesis

وزارت علوم، تحقیقات و فناوری - دانشگاه فردوسی مشهد - دانشکده کشاورزی

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023